Много чего может быть, сложно сказать почему. Как вариант - если никаких решений больше не найдешь:
- выведи меню не через функцию, а просто скопируй HTML исходный код и вставь его.
- затем каждую ссылку меню проверяй условиями if.
Для проверки категорий, к примеру так:

PHP код:
<?php
if ( is_category('5') && !is_paged() ) {

  // код, который выполниться, если показана только первая страница категории с ID 5
}
 else
      {

    // код, который выполнится, если это другая страница

}?>