Код в 2х местах главной(в чём разница, я не понял), в обоих менять?
	PHP код:
	
<?php
                        if( $options[ 'header_show' ] != 'disable-both' && $options[ 'header_show' ] == 'header-text' ) {
                        ?>
                            <h1 id="site-title">
                                <a href="<?php echo esc_url( home_url( '/' ) ); ?>" title="<?php echo esc_attr( get_bloginfo( 'name', 'display' ) ); ?>" rel="home">
                                    <?php bloginfo( 'name' ); ?>
                                </a>
                            </h1>
                            <h2 id="site-description"><?php bloginfo( 'description' ); ?></h2>
                        <?php
                        }
                        elseif( $options[ 'header_show' ] != 'disable-both' && $options[ 'header_show' ] == 'header-logo' ) {
                        ?>
                            <h1 id="site-title">
                                <a href="<?php echo esc_url( home_url( '/' ) ); ?>" title="<?php echo esc_attr( get_bloginfo( 'name', 'display' ) ); ?>" rel="home">
                                    <img src="<?php echo $options[ 'header_logo' ]; ?>" alt="<?php echo esc_attr( get_bloginfo( 'name', 'display' ) ); ?>">
                                </a>
                            </h1>
                        <?php
                        }
                        ?>