У тебя выравнивание сделано с помощью абсолютного позиционирования и отступов (top, left). Все можно сделать гораздо проще, с помощью margin: 0 auto и display: block. Вот изменил немного твой код:
Код:
.header {
	min-height:140px;
	padding-left:28px;
	margin-top: 6px;
	background: #fff 100% 0 repeat-y;
}

.main-logo {
width: 575px;
height: 85px;
display: block;
padding: 25px 0 0 105px;
background: url(logo.png) 0 -22% no-repeat;
}

.center-logo {
	display: block;
	margin: 0 auto;
}
Код:
<div id="logo"><noindex><a rel="nofollow" href="http://site.ru/" title="На главную" class="main-logo" style="text-decoration: line-through !important;">
  </a>
<img class="center-logo" src="http://flyosity.com/images/_blogentries/networkicon/step2.png" alt="123456789">
 </noindex>
</div>